Basayev biệt danh là Amir Abdallah Shamil Abu-Idris sinh ngày 14 tháng 1 năm 1965 tại ngôi làng Dyshne-Vedeno, gần Vedenophía đông nam Chechnya. Gia đình ông được cho là đã có một lịch sử lâu dài tham gia kháng chiến tại chống lại sự cai trị của Nga. Trong Thế chiến thứ II, theo lệnh của Lavrenti Beria, gia đình Basayevs cùng với hầu hết dân Chechnya đã bị trục xuất đến Kazakhstan và chỉ được hồi hương vào năm 1957, khi Nikita Khrushchev lên giữ chức tổng bí thư đảng Cộng sản Liên Xô. Năm 1982 Basayev tốt nghiệp trung học phổ thông và phục vụ 2 năm trong quân đội. Năm 1987, Basayev vào học tại Viện Kỹ sư nông nghiệp. Sau đó ông đã làm việc như một nhân viên bán máy tính tại Moscow.